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    di Bernardo Lab - Systems and Synthetic Biology Lab
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    Guida al software Geneious

    Piccolo manuale del biologo per l'accesso a Geneious

    0) Dovete avere installati in locale i seguenti programmi:

    VNC (http://www.realvnc.com/)

    putty (per utenti windows. Gli utenti mac possono aprire terminale)

    FileZilla

    1) Accedere al cluster attraverso Terminale o Putty digitando:

    ssh matlab@nirvana.tigem.it

    inserire la password di matlab (chiedetela in giro :))

    2) Una volta loggati, digitare: vncserver

    Vi uscirà' una lunga lista incomprensibile; l'unica riga che vi interessa e' verso la fine, e dice, per esempio:

    New 'nirvana.tigem.it:2 (matlab)' desktop is nirvana.tigem.it:2

    3) Tornando in locale, aprite VNC

    4) Indicate, come VNC server, ad esempio:

    nirvana.tigem.it:2

    (che avete preso da Terminale/Putty) e lasciate tutto il resto di default. Reinserite la password quando lo chiede.

    5) Vi si aprirà' una finestra, un desktop dentro il desktop: quello e' il vostro "affaccio" sul server. D'ora in poi lavorerete come se quella finestra fosse il vostro desktop. (Ogni tanto potrebbe comparire una finestra che chiede cose strane, voi cliccate sempre su Cancel)

    6) Per lanciare Geneious, dovrete farlo da terminale. Per aprire il terminale, andate in alto su Applications > System Tools > Terminal.

    7) Una volta aperto il terminale, digitate semplicemente:

    Geneious

    e il programma si aprira'.

    8) Innanzitutto, createvi la vostra cartella.

    9) Per importare le vostre sequenze dal computer locale, dovrete prima passarle tramite Filezilla sul cluster, poi importarle nel programma tramite Geneious. Vediamo come si fa.

    9a) In locale, aprire FileZilla; riempire i campi in alto come segue:

    Host: sftp://nirvana.tigem.it

    Username: matlab

    Password: quella di prima :)

    e premere invio.

    9b) L'interfaccia sotto e' divisa in due parti: a sinistra c'e' il vostro computer in locale, a destra c'e' l'account matlab sul cluster. Potete passare i files da una parte all'altra semplicemente trascinandoli. Ora ritorniamo sulla finestra di VNC da cui avete acceso Geneious.

    10) Tramite il menu Import di Geneious (rimandasi ad opportuna precedente presentazione) Importate le vostre sequenze dalla cartella del cluster su cui le avete appena trasferite.

    11) Buon lavoro!!

    12) Ora che avete finito di lavorare, esportate le sequenze ottenute in formato .gb da Geneious alla vostra cartella sul cluster.

    13) Accedete di nuovo a FileZilla (cliccate su refresh per aggiornare la lista) e trascinate i files che vi interessa tenere in locale dalla parte destra alla parte sinistra, nella cartella che preferite.

    14) Chiudete la finestra di vnc per interrompere la connessione.

    15) Tornati su Terminale/Putty (che intanto erano rimasti attivi in locale), digitate:

    vncserver -kill :2

    NB: il numero finale può' cambiare, dev'essere uguale al numero finale che avete inserito per connettervi tramite vnc.

    16) Digitate

    exit

    per interrompere la connessione al cluster. Complimenti, avete finito!